Der Regierungsrat hatte in den neunziger Jahren den Haupt-Nutzungsideen für das ehemalige Lohnhof-Gefängnis seinen Segen erteilt. 16 Eigentumswohnungen für hohe Ansprüche im Bürotrakt, das «Musikmuseum im Lohnhof» im Männertrakt sowie ein «Gast- und Freizeittrakt» im Frauengefängnis. Dieser umfasst einen Restaurations- und Beherbergungsbetrieb, ein Schülerfoyer, Musikübungsräume, Werkstätten und einen Begegnungsraum mit Bibliothek für die English Speaking Community und den Jazzkeller am Kohlenberg (unter dem Musikmuseum).

Die Planungs- und Baukommission Lohnhof, die aus Mitgliedern der Kantonsverwaltung sowie Lohnhof-Stiftungsrats (Dr. Bernhard Christ, Stephanie Hoffmann, Peter C. Hoffmann) zusammengesetzt ist, hatte die Nutzungsideen aufgrund von 46 Gesuchen sowie nach vielen Einzelgesprächen und Recherchen geprüft. Die «Stiftung Lohnhof Basel» stellte bis zu 5 Mio. Franken zur Verfügung - zum grösseren Teil für den Umbau des ehemaligen Frauentraktes. In erster Linie wurden Nutzer gesucht, die keine Subventionen benötigen. Die Eigentumswohnungen wurden nicht subventioniert. Die fünf Millionen der «Stiftung Lohnhof Basel» dürfen nicht verwechselt werden mit den rund 6 Mio. Franken, die - ebenfalls von privater Seite - für (Um-) Bau, Einrichtung und Betrieb des Musikmuseums geschenkt wurden.